Marquardt war zunächst eine kleine Fischersiedlung, aus der im Laufe der Zeit durch die Ansiedlung von Bauern und Rittern und ein altwendisches Dorf entstand. Bereits 1313 wurde der Ortsname Skoryn, später Schorin, von Mitgliedern einer Spandauer Geistlichen Bruderschaft zum ersten Mal erwähnt. Die heutige Gestalt von Marquardt ebenso wie sein Name sind jedoch wesentlich jünger. 1704 erhielt der Kgl. preußische Oberhofmarschall und Schlosshauptmann Marquard Ludwig von Printzen (1675-1725) das Gut Schorin zum Lehen. König Friedrich I. erlaubte ihm, den Ort nach seinem Vornamen zu benennen.

                                   
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Historische Bedeutung erlangte Marquardt in den Jahren ab 1795, als General Hans Rudolph von Bischofswerder als enger Vertrauter von König Friedrich Wilhelm II. den Gutsbesitz Marquardt für 32.000 Taler und 100 Dukaten Schlüsselgeld erhielt. Unterhalb des damaligen Herrenhauses ließ Bischofswerder in einem mit Akazien bepflanzten Hügel die „Blaue Grotte" errichten, die innen mit blauen Lasursteinen ausgekleidet und mit einem Kronleuchter ausgestattet war. Reste davon sind nahe dem Ufer des Schlänitzsees noch heute zu sehen. An diesem Ort hielt der Rosenkreuzorden ab 1795 spiritistische Sitzungen ab, um sich den mystischen Traditionen der Alchemie, Hermetik und Kabbalistik zu widmen. Auch König Friedrich Wilhelm II. war dort mehrfach zu Besuch, wie Theodor Fontane in den Wanderungen durch die Mark Brandenburg berichtet.

Nach dem Tod Hans Rudolphs übernahm 1803 sein Sohn Hans Rudolf Wilhelm Ferdinand (geb. 1795) das Gut bis 1858. In dieser Zeit wurde das Herrenhaus erweitert und der Park 1823 nach Plänen Peter Joseph Lennés gestaltet. 1878 kaufte Carl Meyer von der Firma Krupp das Schloss und ließ es im Stil des Neobarock und der Neorenaissance umbauen. 1892 kaufte der Geheime Kommerzienrat und Eisenindustrielle Louis August Ravené Marquardt als Sommersitz. 1912 wurde das Schloss aufgestockt und der Westflügel angebaut. Ravené stiftete auch um 1900 den Neubau der evangelischen Dorfkirche, in der er begraben liegt. 1932 pachtete das Hotelunternehmen Kempinski das Schloss und der Ort wurde so zu einem beliebten Ausflugsziel. Durch die „Arisierung" (Enteignung jüdischen Besitzes) der Kempinskis wurde das Schloss von Aschinger übernommen. 1942 verkaufte Ravené das Schloss für 1,28 Millionen Reichsmark an die Aschinger AG. Von 1939 bis 1945 diente es als Reservelazarett. Trotzdem wurde der Restaurantbetrieb in Teilen Aufrecht erhalten.


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1945 wurde Marquardt von der Roten Armee besetzt. Die sowjetische Militär-administration (SMAD) beschlagnahmte und enteignete die Firma Aschinger. Das Bodenreformprogramm griff und die Bauern erhielten Land. In der Nachkriegszeit wurde der Schlosspark für Agrarprojekte genutzt und die Humboldt-Universität übernahm hier nach 1958 das Institut für Obstbau. Nach der Liquidation der LPG Obstproduktion Marquardt um 1991 entstanden neue private Betriebe, die einen Teil der Obstflächen weiterhin nutzen konnten.

Von der Treuhand-Liegenschafts-Gesellschaft (TLG) erwarb die Münchner Penelope Immobilien Verwaltungs GmbH 1998 das Schloss und Gutshofsgrundstück Marquardt. Am 26. Oktober 2003 wurde Marquardt durch die Gemeindegebietsreform zu einem Ortsteil von Potsdam.